学科课程又称科目课程或分科课程，它是根据学校教育目标、教学规律和一定年龄阶段的学生发展水平，分别从各门学科中选择部分内容，组成各种不同的学科，彼此分离地安排它们的教学顺序、教学时数和期限。学科课程在学校课程体系中占据着绝对的权威地位。宗教神学课程和自然科学课程均是学科课程，如夸美纽斯是宗教神学课程的代表人物。