负电

DNA分子带负电，因为DNA含有磷酸残基，而磷酸残基带负电。 通过电压或电流的设定使带负电的不同长度还有不同形态(超螺旋，双链，单链，线性等等)的DNA在电场下，在凝胶孔隙中向相反电极方向游动。

通过琼脂糖凝胶的网状结构分离不同大小长短的的DNA：不同DNA在电场下的泳动速度不一样，大的不能穿梭就被缠住，泳动慢，小的在里面穿梭，泳动快。也可以使用此方法切取想要的DNA。