二者的主要区别如下：

第一、二者科属不一样：肉褐鳞环柄菇属于蘑菇科环柄菇属而雷蘑菇则是白蘑科桩菇属。

第二、二者外观不一样：肉褐鳞环柄菇子实体小，带浅肉粉红色。菌盖具褐红色或暗紫褐色鳞片。无菌托且有菌环而雷蘑菇子实体大型，菌盖宽7-36cm。扁半球形至近平展，中部下凹至漏斗状，污白色、青白色或稍带灰黄色，光滑，边缘内卷至渐伸展。

第三、 二者毒性不一样：肉褐鳞环柄菇极毒，含毒肽和毒伞肽，而雷蘑菇则无毒，可食用及药用。