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辣椒对于病虫害的抵抗力很差，所以种植过程中会使用大量农药。清洗青椒时，可用浸泡、水冲的方式消除表皮农药，青椒蒂的凹陷部分容易残留农药，最好切除。

青椒表皮下层亦有系统性农药，把青椒切丝，再用滚水烫一分钟左右，便可溶解残留农药。此外，一般蔬果有蒂的部分容易残留农药，最好切掉不用。