把自己家的水井填了盖房子是行的，只要自己家的这个水井是在宅基地证规定的范围内就可以的，如果是在基本农田上的水井填了盖房子是不允许的，基本农田是不允许改做其他用途只能种植农作物，而农村宅基地就是批准用来盖房子的，把自己家宅基地上的水井填了盖房子是可以的。