氢燃料电池汽车目前面临的最大问题是，燃料电池堆的成本和使用寿命问题。

如功率100瓦 相当于1.8L排量的氢燃料电池汽车，仅氢燃料电池组的成本就接近100万元人民币

而氢燃料电池组在频繁高低速轮换中，也容易缩短使用寿命。此外氢气的来源也是问题，制氢所需的成本，比炼油和发电还高。

还有氢气的生产、收集和使用，工业副产品氢，也就是那些炼焦炭、煤炭产生的氢气的收集。