是的分开了。灵活就业的社保里面的养老保险是社保局在统一管理，医保在2019年就由税务部门接收管理了，所有医保缴费都由税务部门统一，查询医保和养老也是分开查询，养老在社保里面或者天府市民云里面查询，医保在四川医保公共服务平台里面查询。