1、生活区域不同。深海鱼生活在百米以下深海区域，浅海鱼类主要栖息于200m以内浅水层的海洋鱼类。

2、生长周期不同。生长周期不同生活于深海的鱼类，通常所处的海水温度也会比较低。特别是接近南北极的水域，温度都非常低。所以，深海鱼相比较于浅海鱼，大多都是生长周期比较长，生长较为缓慢一些。

3、营养不同。深海鱼由于其主要成分是蛋白质和多不饱和脂肪酸，所以在零下18摄氏度的保存状态下并不会导致营养流失，气逆鲜度和质量可以被很好的保留，且相比淡水鱼和近海鱼，深海鱼被当代工业污染的可能性会更低。