出让自建房和出让存量房的根本区别是自建房没有房产证，存量房是正规的商品房，有房产证。出售的时候，自建房完全是靠双方的合同协议来渡让产权，这种转让在法律上是无法完全支持的。存量房作为正规的商品房可以按照正规的渠道进行产权转让，在法律上是认可的。

有一些自建房甚至可能会被定性成违章建筑，有可能被拆除。所以自建房的转让风险比较大。而存量房不存在这个问题。