有区别。

一、科属区别

1、葫芦是葫芦科攀援或匍匐草本植物甜瓜的果实。

2、木瓜属于蔷薇科木瓜属的灌木或小乔木植物。

二、果实区别

1、葫芦的果实的形状、颜色、大小因品种而异，通常为球形或长椭圆形，果皮平滑有纵沟纹，无刺状突起，颜色多以金黄色为主，也会有白色或者是绿色的，果肉呈白色、黄色或绿色，种子呈污白色或黄白色的卵形或长圆形，也可以食用。

2、木瓜果皮呈暗黄色没有纹路，长椭圆形，果肉呈深黄色，种子呈黑色圆形，像鱼卵一样。