2008年，一场席卷行业的“三聚氰胺”事件将蒙牛以及其他乳制品企业打到了谷底，面对市场的质疑与不信任，让牛根生举步维艰。一年以后中粮集团与厚朴基金以61亿港元对价收购蒙牛公司20%的股权。

2011年，牛根生辞去了董事会主席一职，中粮集团的宁高宁接替了他成为蒙牛的董事长。后来，辞职之后的牛根生开始全力做慈善，并且将自己全部的股份捐赠给了“老牛基金会”。也因为不断地“退”，牛根生的名字开始淡出中国商业的舞台。