因为腔棘鱼化石发现于二叠纪末期(2.95亿年前)到白垩纪早期(1.44亿年前)。腔棘鱼属与其他同类鱼一样，骨化程度较低，表现出脱离早期淡水环境而转向海洋生活方式的一般趋向。

腔棘鱼长期被认为约在6，000万年前即已灭绝，而1938年却在非洲南部近岸用网捕到一条现生种类——矛尾鱼。