1、科属不同：半枝莲是唇形科黄芩属多年生草本植物，而独角莲是桔梗科半边莲属的植物。

2、茎部不同：半枝莲茎部直立，独角莲茎部匍匐状。

3、叶片不同：半枝莲叶片为三角状卵圆形或者卵圆状披针形，独角莲叶片宽大，呈椭圆状披针形后至条形。

4、颜色不同：半枝莲花色紫蓝色，独角莲粉红色或白色。