纯甄酸奶凝固是因为在牛奶发酵成酸奶的过程中，乳糖变成乳酸，pH下降，导致原本以胶束形式存在的酪蛋白开始聚集，形成临时性的三维网络，导致体系黏度上升。

此时，乳清（由乳清蛋白和水等构成）可能会从酪蛋白网络中逃出，这就是在自家做酸奶或是酸奶长期静置时出现的淡黄色液体。

当酸奶粘在盖子上时，重力让乳清更容易滴落，使得留在盖子上的酸奶越发黏稠。浸润到固体表面的黏稠酸奶更难以流动，这就形成了粘在盖子上的厚厚奶层。