运-9采用了国产涡桨-6C（WJ-6C）发动机，这款发动机产自湖南株洲！功率从涡桨-6（WJ-6）发动机的4000马力提高到5100多马力，同时换装新型六叶复合材料螺旋桨，提高发动机效率，降低了油耗和噪音。新型动力系统使运-9较大改善了高温、高原起降性能。飞机最大起飞重量由61吨提高到65吨。