eSE方式是手机在出厂时内置了可以存储公交卡数据的安全芯片，是现在比较先进的手机公交卡实现方式，在一些新款的手机中都有支持，例如小米5系列、小米6、华为P10、三星Galaxy S8s等手机，在出厂时即加载了可开通“手机公交”的安全芯片，此类手机用户在厂商指定的APP即可在线完成开卡，刷卡时必须在开机状态，现在支持的手机中，小米手机支持的城市最多，其中的吉林通属于交通部标准的互联互通卡，南通卡同时属于交通部和住建部标准，支持全国100多所城市互刷。