毛菌的分布是世界性的，凡有节肢动物的地方都能找到毛菌。

毛菌纲与节肢动物有密切联系。除寄生变形毛菌附着在微小的甲壳纲动物和未成熟的昆虫体表生活外，其余的种都以固着器将菌体附着在寄主肠道的几丁质内壁上生活，自寄主肠腔内的物质中吸收养分而从不穿透到寄主的组织里面，因此也可以说它与寄主是一种共生或共栖关系。目前只有变形毛菌属和领孢毛菌属人工培养成功，它们的营养要求与其他普通腐生菌基本相同。