鳗鱼的存储从市场挑选质量良好的活鳗，经过宰杀处理的过程，若没有立即烹调食用，可将鳗鱼置入冰箱内冷藏若需要长期储存，可在鱼体处理干净后，用塑料袋包妥后，放入冷冻裤保存。

另外，选购市售的蒲烧鳗时需以味道鲜美、肉质纹路细致，表皮呈些微山形起伏且具弹性者佳。若微真空包装，需注意是否有真空不良情形。保存需于-18℃以下冷冻保存一年，若于冷藏状态，一般只可保存7天。以屏荣出品的蒲烧鳗为例，因为没有添加任何防腐剂，所以温度的控制很重要，最好尽早食用，以确保其新鲜口感。