1、科属区别：棒花鱼属于棒花鱼属，金苔鼠属于鮈属。

2、背鳍区别：棒花鱼的背鳍十分发达，比较大而金苔鼠的背鳍比较短，并不发达。

3、颜色区别：棒花鱼背部的颜色是棕黄色的，头部是乌黑色，金苔鼠的背部是棕黄色的。

4、分布地域区别：棒花鱼不仅在我国分布广泛，而且在周边的日本和朝鲜也有，但金苔鼠则是我国特有物种。