最本质的区别是，府兵制和屯田制解决的问题并不一样。府兵制解决的是稳定的士兵来源问题，屯田制解决的是粮食补给问题。这两个制度严格来说是处于两个不同维度。比如说，为了应对突厥李世民也曾用过屯田"十一月，辛巳，秦王世民复请增置屯田于并州之境，从之."因此，这两个制度并不是非此即彼的关系。
屯田制，不论军田还是民田，本质上解决的是战乱时期农业生产力不够无法支持战争或者驻地与后勤大本营距离过远，运输周转浪费过于严重的问题。（“于是州郡列置田官，所在积谷，征伐四方，无运粮之劳，遂兼并群贼，克平天下”“突厥数为边患，并州大总管府长史窦静表请于太原置屯田，以省馈运”）因此选择在军队所在地直接由军队或准军事单位（农民按军队组织）进行粮食生产，就地解决粮食问题的方式。
府兵制解决的是战争时期兵员不足问题。宇文泰建立府兵制的原因就是与东魏高欢集团的交战，使得原本拥有的鲜卑族军事力量严重消弱，因此不得不将汉人豪强融入，作为基本的兵员和中下级的军官。让其身边团队作为最高级的将领统帅。府兵制并不解决军队粮食问题（当然这里说的是直接解决，社会生产必然能间接影响到军粮供给，这个是肯定的）。原因是府兵最大的激励措施就是土地等生产资料分配，战利品分配和农业生产免税。既然免税，就不是为了解决军粮问题。
