黄喉拟水龟分为北种黄喉拟水龟、南种黄喉拟水龟。

北种黄喉拟水龟简称北石，又分为大青头黄喉拟水龟（简称大青头）和小青头黄喉拟水龟（简称小青头）。大青头是指分布在台湾、福建等地的黄喉拟水龟，头顶部颜色呈青灰色。小青头是指分布在江苏、安徽等地的黄喉拟水龟，头顶颜色呈青绿色、黄色。

南种黄喉拟水龟简称南石，指分布于越南、广西、海南、广东的黄喉拟水龟，主要特征是头顶部呈黑灰色、灰黄色或黑黄色。