SNV检测是破译细胞组成异质性和推断谱系关系的有力策略。虽然单细胞WGS(ScWGS)或单细胞WES(ScWES)实验可以用来检测单细胞SNV，但仍然存在着严重的挑战，阻碍了这类实验的大规模应用。

事实上，SNV在整个基因组中的稀疏分布可能导致很大一部分SNV在单细胞实验中未被检测到。此外，可以通过扩增方法引入许多偏差，这些方法可能容易出错，因此无法提供整个基因组的同等覆盖范围。

此外，这些实验成本较高，阻碍了这些方法的大规模应用。