两者没有区别。

涟漪，读音为lián yī，形容被风吹起的水面波纹。常用作比喻心里细微的活动。出处《诗经·魏风·伐檀》：“坎坎伐檀兮，寘之河之干兮，河水清且涟猗。”

漪涟（yī lián），同“涟漪”。细小的水波。谢灵运《发归濑三瀑布望两溪》诗:“沫江免风涛，涉清弄漪涟。”