菜籽饼肥和其它热性肥料一样，最好先发酵再进行种植使用，因为它在发酵过程中，也会散发热量。

大棚中早春或者越夏种植时，棚内温度比较高，菜籽饼的肥效比较慢，尽管苗期正常，到了结瓜期，在土壤中的微生物和水分的作用下逐渐腐熟，当施用量过大时也会有烧根，造成植株萎蔫。