首先从们的分布来看就不同。花青素分布在细胞当中的液泡中，光合色素分布在细胞的叶绿体中。另外从他们的成分上花青素属于水溶性有机物，光合色素是脂溶性的有机物。

第三，他们的作用也不同。光合色素的的作用是吸收光能，进行光合作用。花青素的作用不仅使植物呈现五彩缤纷的颜色，也具有降低酶的活性，抗变异等保健功能的活性分子。