事业单位合同制员工是允许辞职的。因为事业单位合同制员工没有事业单位编制，属于劳动合同法管辖范围，因此可以按照劳动合同法的规定离职。事业单位合同制职工是根据事业单位工作需要聘用的职工，受到劳动合同法相关规定保护的。