主要包括：职工福利基金、医疗基金、修购基金、住房基金等。
1、职工福利基金从当年结余中计提
2、医疗基金从事业支出和经营支出中提取
3、修购基金从事业支出和经营支出中提取，同时，清理报废固定资产残值变价收入转为修购基金
4、住房基金记录收到的各项住房基金收入（不包括个人缴纳的住房公积金）。
医院需要扣除的基金有哪些项目
（一）事业基金，即医院按规定用于事业发展的净资产。
（二）专用基金，即医院按照规定设置、提取具有专门用途的净资产。
（三）待冲基金，即财政补助收入和科教项目收入形成的资本性支出净值。
（四）财政补助结转。
（五）科教项目结转。即医院尚未结项的科教项目。
