可在病田和没有发病的田地里喷洒50%多菌灵或75%百菌清500倍液、12.5%禾果利1500倍液来防治玉米心叶腐烂，同时可加入适量的锌肥来提高玉米的抗性。

还能采用物理防治的办法，比如及时清除杂草、降低田间环境的温度、用剪刀将扭曲严重的心叶破开、清除心叶已扭曲并严重腐烂的病株等。