刺鳅主要用鳃呼吸，还可以用皮肤和肠壁辅助呼吸。刺鳅是一种比较特殊的鱼类。当它们在处于水中且水中有充足的氧气时，它们会用鳃呼吸。而当刺鳅离开水或水中氧气不足时，它们就会用肠壁呼吸。此时它们会直接吞入空气吸收氧气，并且将废气通过肛门排出。因此，刺鳅在离开水时也可以存活，只不过需要生活在湿润的地方。