麦哲伦海峡只能通过5万吨以下的船舶。

主航道大部分航段水深都在30米以上，能够满足5万吨以下船舶通行。航道的浅水区域位于海峡东部第一狭水道向西南端延伸10海里至BANCOTRITON海域，此航段南北两侧有诸多浅点存在，水深20米以上的航道宽度仅有0.9海里

经过此航段时必须获得海事当局的许可。主航道内大部分海域无碍航物存在，但在近岸仍有许多图注的浅点和礁石，由于测量资料出于1974年，不排除存在没有标注的碍航物存在，特别是在20米等深线以内的海域。