麦哲伦于1480年出生于葡萄牙北部波尔图的一个没落的骑士家庭。10岁时他的父亲将他送进王宫服役，他麦哲伦后来担任王后的侍童。1496年，他被编入国家航海事务所，1505年参加了葡萄牙第一任驻印度总督阿尔梅达的远征队。先后跟随远征队到过东部非洲、印度和马六甲等地探险和进行殖民活动。这段经历使他积累了丰富的航海经验。