第一、颜色不同：五彩椒，长出来的辣椒也是不同，有绿、黄、白、紫、红五色，颜色鲜艳夺目。紫花珍珠辣椒一般都是由绿变红，这是因为它成熟度不同，颜色会有所不同。

第二、形状大小不同：五彩椒个头不大，食指般大小，有点椭圆的样子。紫花珍珠辣椒则有长条的、灯笼状的等等。

第三、辣度不同：五彩椒辣度是普通辣椒辣度的10倍，紫花珍珠辣椒辣度很小。