黄鳝生活于水体底层，主要栖息於稻田、湖泊、池塘、河流与沟渠等泥质地的水域，甚至沼泽、被水淹的田野或湿地等皆可见其踪迹，喜钻洞穴居。

黄鳝洞长约为体长的3倍左右，洞内弯曲交叉。每个沿穴一般有两个以上洞穴。洞穴出口常在接近水面处，以便它将头伸出呼吸空气。