水流长和水长流都是相同的字组成的词，词序不一样，意思大致相同，略有差异。

水流长:本意指水流过，留下长和远的痕迹。意思是在历史长河中留下了痕迹，很有历史意义。一般用于哲理理论中。

水长流:同细水长流，表达一种水流的状态，细水可以流得很久。引申为经济上节约，可以一直保持有钱可以延续的状态。一般用于和经济类的词语搭配。