区别是：作用不同。

物流编号是指物品流动过程对货物进行号码排列，方便记录和查询各个物流公司的物流货物。

而运单号码是快递公司的条码，便于管理及客户查询等。物流的概念最早是在美国形成的，起源于20世纪30年代，原意为“实物分配”或“货物配送”。    1963年被引入日本，日文意思是“物的流通”。20世纪70年代后，日本的“物流”一词逐渐取代了“物的流通”。中国的“物流”一词是从日文资料引进来的外来词，源于日文资料中对“Logistics”一词的翻译“物流”。