未经发酵的可可豆不但香气和风味低劣，而且组织结构发育不够完全，缺少脆性。发酵后可可果子叶部分分离，色素细胞碎裂，可可碱和鞣质含量下降，糖转化酸导至含糖量也下降，而果胶含量增加，蛋白质酶解成为可溶性含氮物，由于这一系列的生物化学变化，发酵的可可豆焙炒后才具备巧克力特有的优美香味。可可豆发酵温度一般为不超过50℃，平均时间约5～6天，甚至更长。