有区别。对口协商是指对应的相关政府职能部门进行协商，将协商的议题组织各相关职能部门一个一个的进行讨论，达成一致，然后由各职能部门去组织落实，并将落实情况上报上级的相关部门。

界别协商是指对应的各个界别，包括各民主党派、工商联、无党派等进行的协商，同样将议题分别与各民主党派、工商联、无党派进行协商，达成一致后分别于以落实，还要将落实情况报上级组织。