氢键可分为分子间氢键与分子内氢键两大类。一个分子的X—H键与另一个分子的Y相结合而成的氢键，称为分子间氢键。例如，水、甲酸、乙酸等缔合体就是通过分子间氢键而形成的。

除了这种同类分子间的氢键外，不同分子间也可形成氢键 根据红外光谱的研究结果，表明分子间氢键一般是成直线型（其理由见前面氢键的方向性的论述）。由于这样，水结成冰其晶体为四面体构型。即每一个水分子，位于四面体中心，在它周围有四个水分子，分别以氢键和它相连。

某些分子内，例如HNO3、邻硝基苯酚分子可以形成分子内氢键