白蒿的主要病害是根腐病以及菌核病，根腐病顾名思义是一种危害根系的病害，一旦不及时防治，就会导致根系腐烂，从而使植株逐渐枯死，对于它要做好水分管理，雨季要及时排水，发病时可用百菌清灌根处理。

加强田间管理及时清除发病病株、病叶、病根与杂草，并一同烧毁处理。合理密植，保障田间作物有通风和透光度。