杜如晦的后代被灭门的原因是：杜如晦次子杜荷选择了跟随太子李承乾秘密谋反，结果谋反还没有开始就被李世民扑灭，所以作为太子帮凶的杜荷就被处死，按律杜家被夷灭三族，所以杜如晦的后代几乎全部死去，可以说杜如晦后代被灭门是自己作死。