应该有区别，但区别不是很大。在编事业职工和合同制事业职工，基本上工资待遇一样，因为合同制职工的工资标准或其它待遇是参考事业指标职工的标准而制定的。所以基本差不多，差别不大。但在编职工工资一般是上级财政部门划拨的。

合同制职工是单位其他收入发的，还是有一点小差别，合同制工职工三年都要重新签订合同而在编职工不用三年，两年签合同。

合同制事业编制职工退休后，一般按上班交的社保发放退休金。在编职工是按事业具体规定发放退休金的。退休后，计算方式和方法是有一定的区别的。