1、地理位置不同：太仓站位于江苏省太仓市苏州东路，地跨新塘和陆渡，大部分在新塘张桥村境内。而太仓南站地处太仓市新城区南星路。

2、功能不同：太仓站服务沪通铁路、苏南沿江铁路两条铁路线，在地理位置上居太仓市中心。而太仓南站仅服务于沪通铁路，离主城区5公里左右。

3、车次不同：太仓站一共有80班车次，而太仓南站仅有13班车次。