港澳通行证和护照可以同时办理。

从2014年4月1日起出入境业务中的护照，港澳通行证，大陆居民往来台湾通行证的申请表更新成三表合一，填写一张申请表可以同时办理这三个证件了。申请人只需填写《中国公民出入境证件申请表》，就可办理现行普通护照、往来港澳通行证和签注、往来台湾通行证和签注三类出入境证件及签注。

办理费用首次办理护照收费200元，往来港澳通行证100元，到香港、澳门签注一次各需20元。往来台湾通行证50元（含一次有效签注）。