针对北京中轴线遗产内涵多元、载体多样、空间多点的特点，《规划》统筹考虑遗产及其周边环境，将保护区域合理划定为遗产区、缓冲区，并首次明确了区域具体范围边界。全长7.8公里的北京中轴线北端为钟鼓楼，向南经过万宁桥、景山、故宫、端门、天安门、外金水桥、天安门广场及建筑群、正阳门、中轴线南段道路遗存，至南端永定门太庙和社稷坛、天坛和先农坛东西对称布局于两侧。依据《规划》，这承载遗产价值的15处构成要素，以及构成要素之间必要的连接区域，即为总面积约5.9平方公里的遗产区。缓冲区覆盖面则更广，包含遗产区周边且与北京中轴线形成和发展联系紧密的区域，总面积约45.4平方公里。
《规划》提出建立健全职责清晰、运行顺畅的遗产保护管理体系，形成国家、市、区三级的管理架构，以更好地协调促进遗产保护与城市建设的衔接。同时，还对产权主体、本地居民、外来游客、专家学者及社会大众，分别制定鼓励与支持策略，提升全社会共同参与遗产保护效能，实现对遗产长期、有效保护与管理。
