第三季结束时迈克尔、林肯兄弟俩分道扬镳，但第四季，他们马上得知莎拉还活着的消息，于是二人又重聚到一起。迈克尔再次成功越狱，却仍与“公司”纠缠不清。迈克尔发现，所有的阴谋都与公司的核心机密“锡拉”有关，故事也就围绕着找到“锡拉”，搞垮公司，揭其老底展开。莎拉不仅“起死回生”还解释了她之前的遭遇。

经过了4年的纠葛和生死的考验，在故事的最后时候，迈克尔和莎拉两人的恋情终于有了一个完美结局，但遗憾的是迈克尔最终不能和莎拉天长地久，没能和大家在一起快乐生活，这个结局在某种程度上也算是一种缺憾美吧。