一、没有区别，旗与县是同一个行政级别，因为咱们国家实行民族区域自治制度，旗是内蒙古特有的县级行政区。
二、内蒙古实行的盟旗制度为清政府时期指定，这样取消了蒙古固有的部落制度，限制迁移，以便于控制 ，沿袭至今，所以在今天旗相当于“县”，其首长是“札萨克总管”相当于“县长”。
三、旗的存在是按照中民族区域自治政策和1949年的《共同纲领》，对区内具备自治条件的其他少数民族实行自治，是进一步推行民族区域自治政策的重要内容。这一措施，既尊重和保障了少数民族自主地管理本民族内部事务的权利，又坚持了各民族平等、团结和共同繁荣的原则。
扩展资料
截至2017年底，内蒙古自治区辖9个地级市、3个盟（合计12个地级行政区划单位），23个市辖区、11个县级市、17个县、49个旗、3个自治旗（合计103个县级行政区划单位）。
内蒙古的盟旗制度源于清朝，兼有行政区划与部落的含义现在内蒙古的盟只是行政区划的概念，相当于其它省区的地级市、地区，旗则相当于其它省区的县级市、县。近年来有“盟”的已经改为地级市。
旗和县有什么区别
叫法不同
1、旗
旗，是中国行政区划之一，行政地位与市辖区、县级市、县、自治县、自治旗、林区、特区相同，属县级行政区，由地级市、盟管辖，是内蒙古自治区特有的县级行政区。
2、县
县，是中国行政区划之一，行政地位与市辖区、县级市、自治县、旗、自治旗、特区、林区相同，属县级行政区，由地级市、地区、自治州、盟、直辖市管辖或由省直接管辖。
旗和县有什么区别
一、相关称谓不同
内蒙古地区的地县级单位，不像其他省市自治区称之为“地区”、“县”等，也不像其他民族自治地方称之为“自治州”、“自治县”，而称为“盟”、“旗”和“自治旗”。这些行政区名称源自清朝时期的“蒙旗制度”。
二、历史根源不同
盟旗制度从清朝初年形成，一直延续到中华民国时候。1947年，内蒙古自治区成立，民族自决权得以实现。新中国成立以后，党和国家对内蒙古的行政区划进行了重新的调整，虽延用了原有盟旗名称，但与旧的盟旗制度完全不同，特别是随着民族区域自治制度的实行，盟旗成的自己当家作主的行政机构。而其他诸省份也很多沿用了旧有的县市划分，少数民族自治区域也有“自治州”、“自治县”的称谓。
三、主体民族不同
内蒙古的主体民族以蒙古族为主，旗的称呼更符合当地的文化传统，利于民族团结，保证民族的文化。而其他诸省份亦是这个道理，例如各少数民族自治州和内陆省份。
