波罗的海的重要港口有圣彼得堡、加里宁格勒（俄罗斯）、赫尔辛基（芬兰）、斯德哥尔摩（瑞典）、哥本哈根（丹麦）、罗斯托克（德国）、格但斯克（波兰）等。

波罗的海是北欧重要航道，也是俄罗斯与欧洲贸易的重要通道，航运意义很大，是沿岸国家之间以及通往北海和北大西洋的重要水域，从彼得大帝时期起，波罗的海就是俄罗斯通往欧洲的重要出口。