鳗鱼干发臭主要是产生霉菌引起的，霉菌的品种繁多，常见的就是黄曲霉菌、串珠镰刀菌等等，因为环境中不同的湿度、温度、水分，食物中就会产生不同的霉菌，会使食物产生一下毒性。

发霉、发臭的鳗鱼干和环境的湿度、水分、温度有着密切关系，当鳗鱼干被霉菌浸染后，就会产生代谢产品，这时食物就会发生霉变。