摩托车车身改色没有备案被查到的话罚款200元，不扣分。《机动车登记规定》第五十六条，如果改变车身颜色未按规定办理变更登记，将由公安机关交通管理部门处警告或者罚款。并可以扣押车辆，改回原来车身的颜色。

除此之外，改变车身颜色，更改发动机，更换车身车架，更换整车，机动车登记的使用性质改变，机动车迁出，迁入都需要向登记地车辆管理所申请变更登记。