香菇发菌场所潮湿有助于链孢霉的发生，所以控制发菌场所的湿度就可以有效地防止链孢霉发生。

菌袋发菌后期受害，一般不要轻意报废，可将受害菌袋埋入深30厘米～40厘米透气差的土壤中，经10天～20天缺氧处理后，可有效减轻病害，菌袋仍可出菇。